黄花梨药用部分称为花梨格或降香木，主要指其树干和根部的心材部分。该药材气味芳香，味稍苦，烧之香气浓烈并有油流出，加水研磨，药液可治疗各种疼痛，也可磨粉外敷，止痛止血，是极好的镇痛剂。以其心材入药，有香气主治风湿、腰痛、吐血、心胃气痛、高血压等症，又可制作定香剂，是著名香科。古籍对海南黄花梨有生动的描述，拌和诸香，感引鹤降，与人体长期接触辟天行时气、辟斜恶气，可换气除病痛、延年益寿，对人体起辅助治理环境的作用。
据说，最早关于海南黄花梨中医学方面的记载见于唐朝的《证类本草》。后来《本草纲目》中记载海南黄花梨味辛、微温、无毒。可以预防通过空气传染的疾病(辟天行时气)，也可以避邪。小孩子佩带它，也可以防病(辟邪恶气)。煎汤服用，有舒筋活血、降血脂的作用，对胸闷、呕吐、肠胃不适等等症状也有一定疗效。另外，调成药泥敷患处，能有效缓解跌打损伤、风湿腰腿痛。
降香疗金疮出血效验如神，《名医录》记载：“周崇被海寇刃伤，血出不止，筋如断，骨如折，用花蕊石散不效。军士李高用紫金散掩之，血止痛止，明日结痂如铁，遂愈，且无瘢痕。叩其方，则用紫藤香瓷瓦刮下研末尔。云即降香之最佳者，曾救万人。”说的是有一位将军被海盗伤了，伤势非常严重，用别的药不行，一个叫李高的士兵拿出“紫金散”敷上，结果，止了血，痛也缓解了，后来伤口好了，还没有疤痕，问他用的是什么方子，说用好的降香用瓦片刮下末来就可以用了，说这样救了数万人。也就是李时珍说的：“疗折伤金疮，止血定痛，消肿生肌”之验也。
《溪蛮丛志》谓：“降真香本出海南，今溪洞僻处出者劲瘦不甚良。”；《中药志》中记载"味辛，性温。有行气活血、止痛、止血的功能，用于脘腹疼痛、肝郁协痛、跌打损伤、外伤出血等"；《海药本草》中有记载"主产后恶露冲心，癓:[wēi]瘕[jiǎ]结气，赤白漏下，并剉煎服之"；唐陈藏器《本草拾遗》中有记载黄花梨"味辛，温，无毒。主破血血块，冷咳，并煮计及热服"。